En el centro meridional del país, el departamento de Flores limita al norte con los departamentos de Río Negro y de Durazno, al este con el de Florida, al sur con los de San José y Colonia, y al oeste con el de Soriano.
Es un departamento delimitado por ríos, pues por el norte le cierra el río Yi, en tanto que su afluente, el Maciel, lo hace por el este, y el Grande por el oeste. Este espacio está integrado por parte de la penillanura cristalina, y en su sector meridional se levantan estribaciones pertenecientes al tramo inferior de la cuchilla Grande. El resto es un conjunto de interfluvios avenados por arroyos que, en su mayoría, vierten hacia el norte, directamente al río Yi, y que forman las únicas áreas boscosas. El clima de la zona es lo suficientemente cálido y húmedo como para desarrollar una pradera herbácea, con hierbas cuya altura oscila según el año meteorológico y que sirven como alimento para la ganadería, principal actividad económica de Flores.
La cabaña ganadera está formada por ganado vacuno, caballar y lanar, si bien existe un claro predominio del ovino. Con todo, no faltan actividades agrícolas, bien de apoyo a la ganadería (cereales pienso), bien de salida industrial: vid, frutales, lino y oleaginosas. Pero destaca, sobre todo, como una de las zonas trigueras, maiceras y de cultivo de oleaginosas, entre los que ocupa un lugar destacado el girasol. Es de reconocida fama la cantería de Pintos, de granito negro para ornamentaciones, que cada vez se exporta menos en bloque y más en laminados; también se obtienen arenas cuarcitas utilizadas en la fabricación de vidrio.
  Su capital es la ciudad de Trinidad, que se localiza en el centro del departamento y constituye un importante nudo en la red radial de carreteras, ferrocarril y navegación aérea interior. El nombre del departamento le fue concedido como reconocimiento a la figura del político y militar uruguayo Venancio Flores. Superficie, 5.144 km2.