Situado en el sur del país. Limita al norte con el departamento de Flores, al sur con el Río de la Plata, al este con los departamentos de Florida, Canelones y Montevideo, y al oeste con el de Colonia.
La práctica totalidad del territorio pertenece al ámbito geográfico de la penillanura cristalina, aunque su extremo meridional forma parte de la Llanura platense. El relieve está formado por algunas elevaciones graníticas del sistema de la cuchilla Grande inferior, entre las que aparecen depresiones drenadas por ríos afluentes del San José, así como otros más pequeños que desaguan directamente al Río de la Plata. La costa occidental es baja y arenosa, y presenta frecuentes bañados litorales formados en la desembocadura de los pequeños arroyos y en los cordones arenosos de dunas. La costa oriental es más escarpada y acaba en las llamadas barrancas de San Gregorio. Por su situación meridional, San José posee un clima más fresco y menos lluvioso que el existente en otras partes del país (tiene una temperatura de 17 ºC y unas precipitaciones en torno a los 900 mm de promedio anual).
La economía departamental está muy diversificada. El departamento es una zona de producción lechera de tipo tambo; en esta especialidad y en la proximidad de la ciudad de Montevideo, la capital del país, se basa su más reciente diversificación: forrajes y cereales pienso, una gran variedad de frutas, tanto subtropicales como templadas, y plantas industriales como las oleaginosas (lino y girasol). La industria se halla igualmente condicionada por las anteriores actividades, destacando la existencia de fábricas dedicadas a la elaboración de productos l&a